1. 基本的なディレクトリ構成

まずは公式ページからリリースファイルをダウンロードしてきますが、新しくアプリケーションを作るときの雛形になるようなものは存在しません。(サンプルもいらないものが入りすぎ)
そのためとりあえずシンプルな構成を作る必要があります。
Viewに関してはJSPは捨ててVelocity一本に絞った場合の簡単な構成は以下のとおりです。

ディレクトリ構成

 WEB-INF
   │  web.xml
   │  
   ├─classes
   │     xwork.xml(srcからコピー)
   │     webwork.properties(srcからコピー)
   │          
   ├─lib
   │     commons-collections.jar
   │     commons-lang.jar
   │     commons-logging.jar
   │     ognl.jar
   │     oscore.jar
   │     velocity-dep.jar
   │     webwork-2.1.7.jar
   │     xwork.jar
   │      
   ├─src
   │     xwork.xml
   │     webwork.properties
   │           
   └─vm
           xxx.vm

commons-collectionやcommons-langは使ってないかもしれませんが、どうせアプリの方で使うかもしれないので入れてあります。