Maven2で複数のソースディレクトリを扱う方法が不明だったけど、http://mojo.codehaus.org/ の Build Helperで出来るみたい。
pom.xmlに以下のように記述すればOK。
<build> <plugins> <plugin> <groupId>org.codehaus.mojo</groupId> <artifactId>build-helper-maven-plugin</artifactId> <executions> <execution> <id>add-source</id> <phase>generate-sources</phase> <goals> <goal>add-source</goal> </goals> <configuration> <sources> <source>src/generate</source> </sources> </configuration> </execution> </executions> </plugin> </plugins> </build>